Морская академия

Спустя сто лет после катастрофических сдвигов тектонических плит, большая часть Японии оказалась под водой, превратив страну в процветающую морскую нацию. Города с высоким уровнем развития выстроились вдоль побережья, а морские пути, охраняемые специализированными военными кораблями, стали неотъемлемой частью жизни. Морская индустрия расцветает, и молодые девушки стремятся присоединиться к "Синим Русалкам" — элитным морским защитницам, посвятившим свою жизнь охране морей.

После долгой разлуки детские друзья Акено Мисаки и Моэка Чина вновь встречаются в Морской школе для девушек в Йокосуке. Здесь они объединяются с другими девушками, мечтающими стать "Синими Русалками". Скоро начинаются тренировочные учения, и Акено с Моэкой получают под командование собственные корабли и экипажи. Всё идёт гладко для Акено, которая быстро осваивается в роли капитана и укрепляет связи с членами экипажа на эсминце Хареказе. Однако внезапные неполадки с двигателем и навигацией оставляют их корабль в бедственном положении. "High School Fleet" следует за отважным экипажем Хареказе, который преодолевает опасные воды и преграды на пути к своей цели — стать полноправными "Синими Русалками".