Некий научный рейлган
Действие разворачивается в Академгородке — высокотехнологичном мегаполисе, где подавляющее большинство населения составляют студенты, участвующие в научных программах и экспериментах. Здесь люди с особыми способностями, называемые эсперами, проходят обучение и классифицируются по уровням силы. Среди них выделяется Мисака Микото — ученица средней школы и один из немногих эсперов пятого уровня, обладающая способностью управлять электричеством с исключительной точностью. За умение разгонять металлические предметы электромагнитным импульсом до колоссальной скорости она получила прозвище Рейлган.
Повседневная жизнь Микото включает участие в школьных занятиях, общение с друзьями и постоянные столкновения с последствиями научных экспериментов, проводимых в городе. Академгородок скрывает множество секретных проектов, в которых способности эсперов используются для создания оружия и технологий. В ходе событий Микото сталкивается с незаконными исследованиями, направленными на клонирование, усиление способностей и контроль над людьми. Попытки разобраться в происходящем приводят её к конфликтам с организациями, действующими вне закона, и к столкновениям с другими эсперами, чьи силы и цели представляют серьёзную угрозу.