Врата Штейна

История начинается с студента Ринтаро Окабэ, который вместе с близкой подругой Маюри посещает научно-исследовательскую конференцию, где основной темой являются путешествия во времени. Там он оказывается вовлечён в неожиданное событие — находит мёртвое тело одной из участниц конференции, талантливой ученой Курису Макисэ. Переживая потрясение, он немедленно пишет электронное письмо своему товарищу, подробно рассказывая обо всём случившемся. Однако вскоре обнаруживает нечто невероятное: мир вокруг него изменился, Курису жива, а послание, которое он отправил, каким-то образом повлияло на течение прошлого.

Возвращаясь обратно в свою домашнюю лабораторию, Окабэ приступает к серии опытов и приходит к поразительному открытию: обычная микроволновка, совмещённая с определёнными действиями и использованием мобильных сообщений, способна передавать информацию в прошлое. Присоединившаяся к нему Курису активно участвует в исследованиях, помогая структурировать полученные знания и углубляя понимание опасных последствий влияния на временные линии. Постепенно герои узнают о существовании могущественного учреждения под названием SERN, ведущего секретные эксперименты над человечеством с конечной целью создать контролирующую машину времени.