Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

Несмотря на уничтожение родной планеты механизации Андромеда, империя машин продолжает своё наступление по всей галактике, и Земля превратилась в поле битвы. Вернувшись с путешествия на поезде Галактический Экспресс 999, Тэцуру Хосино присоединяется к сопротивлению и борется вместе с другими, кто сохранил свою человечность. Когда 999 возвращается на Землю, Тэцуру получает загадочное сообщение от своей бывшей спутницы по путешествию Маэтель, в котором она просит его снова сесть на поезд. Пробиваясь к станции Мегалополис, он успевает на поезд в последний момент.

На этот раз Тэцуру сталкивается с несколькими загадками: Маэтель нигде не видно, появился зловещий "Призрачный поезд", а конечная цель маршрута 999 неизвестна. В этой атмосфере неопределённости Тэцуру встречает таинственного чёрного рыцаря Фауста и вскоре раскрывает самый мрачный секрет империи машин.