Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После трагической гибели близкого друга Синдзи Икари впадает в эмоциональный ступор и не способен управлять своим евангелионом — гуманоидным роботом Евангелион-01. Его отец, Гендо Икари, руководитель организации NERV, вступает в гонку с тайной группировкой SEELE, чтобы первым осуществить свой план. SEELE стремится создать божественное существо, объединив свои души с евангелионом, в то время как Гендо мечтает вернуть всех людей к первоначальному состоянию, чтобы воссоединиться со своей умершей женой Юи.

SEELE развязывает смертельное вторжение на базу NERV, уничтожая ученых и охрану. Асука Лэнгли Сорью, пилотируя Евангелион-02, дает отпор мощному вооружению SEELE в отчаянной попытке остановить их. В то время как битва продолжается, Синдзи, погруженный в депрессию, прячется в глубинах штаб-квартиры NERV. От судьбы мира зависит его решение, и капитан Мисато Кацураги ищет подростка, пока общество рушится вокруг них.